《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列,故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了,博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质,而现在这些物质已经受到了破坏,大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤,可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务,为了帮助大家,博士送来一只名叫兔智的机器人,它不仅智慧超群,还拥有各种能力,在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想,他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们,发誓要得到超级萝卜。
由狗统治的汪财星和由猫统治的喵美星都想和星星球建立联盟,于是各自派出亲善大使来星星球考察,并想办法拉拢星星球人。汪财星和喵美星是两个敌对的星球,他们同时来星星球的目的除了和星星球加强交流外,另一个原因就是为了不让对方好过。他们常常针锋相对,不断引发矛盾。超人们在继续守护星星球的同时,还必须防止汪财星人和喵美星人的争端引发星星球的危机。同时,两个大使的孩子就读超星学院,两孩子之间的争斗给校园增加了许多麻烦。
女娲娘娘为了造福人间,创造出了能够帮助人类的神兽,哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽,将它们污染变为了残暴的魔兽,驱使它们祸害人间,企图就此成为统治世界的霸主。 问天(马小冀 配音)是南宫城城主的儿子,一次偶然之中,他得到了神兽天晶兽(王凯 配音),让问天没有想到的是,天晶兽竟然幻化成为了神兵,拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时,问天的妹妹问雅(刘旭莹 配音)从母亲的血脉里遗传了净化之力,能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽,在兄妹两人无间的配合之下,正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞,于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。