《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
由狗统治的汪财星和由猫统治的喵美星都想和星星球建立联盟，于是各自派出亲善大使来星星球考察，并想办法拉拢星星球人。汪财星和喵美星是两个敌对的星球，他们同时来星星球的目的除了和星星球加强交流外，另一个原因就是为了不让对方好过。他们常常针锋相对，不断引发矛盾。超人们在继续守护星星球的同时，还必须防止汪财星人和喵美星人的争端引发星星球的危机。同时，两个大使的孩子就读超星学院，两孩子之间的争斗给校园增加了许多麻烦。
故事发生在一个架空时代。大洲末年，幽王穷兵黔武不敬天族，妖魔乱世民不聊生。 神秘少女子殇携上古先贤的血脉之力，以行商身份掩护欲寻“太煜九鼎”，暗中对抗暴政、求安定天下。热血少年临镜谷弟子韩箕，奉仙师之命协助子殇一路斩妖除魔，解救天下苍生。 然而，寻鼎之路远没有二人想的那么简单。自上古上神太季将九鼎与应龙一同封印之后，强大到能颠覆天地秩序的“太煜九鼎”早已被多方势力所觊觎。暴戾的幽王横征暴敛、狐尊一心重振狐族大业、而更有隐秘在幕后的“圣君”想要重启万仙大阵、颠覆世界。而因为狐妖怜嬉的干扰导致太煜神元崩流分散，化为九座神鼎流落四方，于是韩箕与子殇再次踏上寻找九鼎的道路。 在这个人、神、仙、魔、妖五界交织的世界中，充满了无数野心、阴谋与谜团的五界交战就此拉开帷幕。
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